中国渔政管理指挥系统是按照国家电子政务建设指南的要求，根据渔业渔政管理需求建设的行业管理电子政务信息系统，目前共有32个子系统。以渔船管理为核心的渔政管理指挥系统建设升级方案，其主要业务包括船网工具指标管理、渔船检验管理、渔船登记管理、捕捞许可管理、船用柴油补贴管理、渔政执法管理、渔业安全应急管理、渔政队伍和基础设施管理、渔业养殖管理、渔船动态管理等60余项业务模块。该系统的主管部门为农业部渔业渔政管理局，于2008年正式上线运行。系统的用户为全国各省、区、市渔业主管部门相关业务操作人员，用户数约20000个，数据库为SQL Server，数据量约500GB，数据集中存储与指挥系统国家中心站，信息系统安全等级保护为三级。
指挥系统建设涉及内容多、技术复杂、实施周期长。可研编制组针对不断深化的系统建设需求，进行了多项相关课题研究与技术攻关工作，主要包括系统总体架构设计技术、数据接口交换技术、系统数据标准规范的研究制定、信息系统安全保护策略、渔船通信技术等应用研究，确保系统的先进性、可靠性、扩展性和可持续性，为工程的实施打下基础。
渔政管理指挥系统是我国首个综合性渔业管理信息系统，具有较突出的应用创新性和方法先进性，在农业管理信息化建设中处于国内领先水平，有效支撑了渔业管理现代化建设。作为全面服务于渔业管理业务的管理信息系统，其运行提高了我国渔业管理水平和行政执法管理效率，对推动产业发展和现代渔业建设具有重要意义。
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